Ihr MySQL-Dump ist kleiner als die Datenbank selbst, da auf dem Datenbankserver nicht nur die Daten selbst, sondern vor allem auch Indizes für einen schnellen Zugriff gespeichert werden. Eine vollständige Suche über alle Daten, ohne diese zu indizieren, wäre nicht effizient.
Diese Index-Dateien und zusätzliche "Löcher" (die durch das Löschen einzelner Datensätze innerhalb der Tabelle entstehen) sind daher der Grund für die unterschiedliche Größe.